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PROTEOMICS & OFF-TARGET PROFILING

蛋白质组学与脱靶分析

从全局看你的降解剂动了哪些蛋白：评估选择性、发现脱靶与 neosubstrate。质谱与大规模蛋白质组学由具备资质的协作平台执行，我们负责方案设计、样本与降解读出、底物候选排序与生信整合。

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本模块技术清单

按子领域分组，每项技术一句话说明测什么、给什么。质谱与大规模蛋白质组学条目均由具备资质的协作平台执行，方案设计、样本与降解读出、候选排序与生信整合由我们负责——以下不再逐条重复标注。

底物谱与脱靶

全蛋白质组层面的选择性评估

在一次实验里看清降解剂降了谁、动了谁。

  • DIA-MS 全蛋白质组定量 — 无偏地定量数千个蛋白丰度变化，看降解剂的全局影响
  • TMT/label-free 蛋白质组学 — 多样本相对定量，比较处理组与对照的蛋白丰度差异
  • 降解底物发现 — 从蛋白质组变化中识别被降解剂下调的候选底物
  • 分子胶 neosubstrate discovery — 找出分子胶诱导招募并降解的新底物（neosubstrate）
  • PROTAC off-target degradation profiling — 系统刻画 PROTAC 除目标蛋白外还降解了哪些脱靶蛋白
  • 时间/剂量梯度蛋白质组学 — 按时间点与浓度梯度采样，区分原发性降解与下游继发效应
  • 选择性评价 — 综合上述数据给出降解选择性的量化判断与脱靶清单
靶向与位点组学

靶向验证与降解机制位点

把候选靶点钉死，并看清泛素化、磷酸化层面的变化。

  • PRM-MS 靶向验证 — 对选定蛋白做高特异定量，验证发现性质谱里的关键候选
  • 磷酸化蛋白组学 — 定量磷酸化位点变化，看降解是否扰动信号通路
  • ubiquitinomics 泛素化位点组学 — 定位底物上的泛素化位点，佐证 E3 介导的降解机制
邻近标记与互作

招募与互作网络

看 E3 和目标蛋白周围都有谁，理解降解为什么发生。

  • TurboID proximity labeling — 用邻近标记捕获蛋白在活细胞中的邻近组，绘制空间互作
  • E3 邻近蛋白谱分析 — 解析 E3 连接酶周围的邻近蛋白，提示潜在底物与脱靶招募
  • POI 互作网络分析 — 围绕目标蛋白（POI）构建互作网络，定位关键伙伴与降解相关节点
生信分析

数据整合与候选排序

把质谱结果变成可决策的结论与一份候选清单。

  • 火山图 — 以差异倍数与显著性可视化全蛋白质组变化，一眼看出显著上调/下调蛋白
  • 通路富集 — 对差异蛋白做通路与功能富集，理解降解的下游生物学影响
  • 候选底物排序 — 综合丰度变化、显著性与机制证据，输出排序后的候选底物清单
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你需要提供

信息越完整，方案设计与读出解读越准。缺项我们可一起讨论补齐。

  • 化合物与处理方案 — 分子胶或 PROTAC 化合物、目标靶点（如 GSPT1/CRBN 体系）、初步活性浓度，以及希望评估的处理时间与剂量范围。
  • 细胞或样本体系 — 拟使用的细胞系或样本类型，必要的对照（如 DMSO、无活性对照、CRBN 缺失对照等），以及样本可获得量。
  • 关注的问题 — 你更关心的是选择性/脱靶谱、neosubstrate 发现，还是机制位点（泛素化、磷酸化）或招募互作，便于选择对应技术组合。
  • 已有背景数据 — 已有的降解读出（如 Western/HiBiT）、候选靶点或脱靶线索、相关文献，有助于设定阈值与解读方向。
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你会拿到

我们负责方案设计、样本与降解读出、底物候选排序与生信整合；质谱由协作平台执行，数据由我们统一交付。

  • 实验方案与样本处理 — 针对你的问题设计的蛋白质组学方案，包括处理梯度、对照设置与采样策略，以及降解读出的衔接。
  • 全局选择性与脱靶谱 — 全蛋白质组定量结果，配合火山图与差异蛋白清单，给出降解选择性的量化判断与脱靶蛋白列表。
  • 候选底物与机制证据 — 排序后的候选底物清单，结合 PRM 验证、泛素化/磷酸化位点与邻近标记互作的机制佐证。
  • 整合分析报告 — 通路富集与跨数据整合的结论，连同原始与处理后数据，形成可用于决策与下一步实验设计的报告。

相关模块

按 TPD 评价主线继续推进，或按需交叉组合。

靶蛋白降解验证与机制研究

确认 UPS 通路并定位机制。

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细胞功能与通路评价

连接表型、通路与免疫功能。

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体内 PK/PD 与药效验证

推进到体内 PK/PD 与药效。

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动了哪些蛋白？

把你的化合物、靶点与关注问题告诉我们，一起设计合适的蛋白质组学与脱靶分析方案。

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