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BINDING & TERNARY COMPLEX

二元结合与
三元复合物检测

测化合物对 POI 和 E3 的二元结合，以及 E3–降解剂–POI 三元复合物的形成与协同性；你会拿到可横向比较的 KD/EC50、cooperativity 与 hook effect 曲线，用来判断分子有没有把靶点拉进可降解的复合物。

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检测内容与对应技术

按二元结合、三元复合物与细胞内互作分组，每项技术都标明它测什么。

二元结合 / 亲和力与动力学

POI 与 E3 的二元结合

先确认化合物能不能结合靶蛋白、能不能招募 E3，并拆出结合速率。

  • SPR — 表面等离子共振，给 POI/E3 结合的 kon/koff 与 KD
  • BLI — 生物膜干涉，测结合亲和力与动力学，省样品
  • MST / TRIC — 微量热泳动测溶液中结合 KD，低样本量、适合弱结合或难固定化体系；膜蛋白需按蛋白状态（去污剂 / nanodisc 等）评估
  • ITC — 等温滴定量热，给结合化学计量与焓/熵等热力学参数
  • 竞争结合（CRBN/VHL/靶点配体） — 与参照配体竞争，判断结合位点与强弱并排序
二元结合 / 稳定性与均相读出

热位移与均相结合检测

免洗涤、可放量的结合读出，便于排序与竞争实验。

  • nanoDSF / DSF / TSA — 热位移测配体诱导的蛋白热稳定变化，快速判断是否结合
  • Spectral Shift（SpS） — 荧光光谱位移测溶液中结合 KD
  • TR-FRET — 时间分辨荧光共振能量转移测结合与竞争
  • HTRF — 均相时间分辨荧光，做高通量结合 / 竞争读出
  • AlphaLISA — 珠基近邻发光检测结合与蛋白互作
三元复合物 / 形成与协同

E3–降解剂–POI 三元复合物

三元复合物形成是 TPD 成败关键，评估强弱、协同与浓度行为。

  • HTRF / TR-FRET 三元检测 — 测 PROTAC 或分子胶是否把 E3 与靶蛋白拉进同一复合物
  • AlphaLISA 三元检测 — 珠基近邻信号读出 E3–降解剂–POI 三元复合物形成
  • SpS / SPR 三元检测 — 在溶液或表面同时给二元结合与三元复合物读出
  • Cooperativity 评估 — 由三元与二元 KD 算出协同系数，给三元 EC50/KD
  • Hook effect / bell-shaped 曲线 — 测浓度过高时复合物解离的钟形行为
三元复合物 / 比较与筛选

三元复合物比较与组合筛选

在多个分子、E3 与物种间给出可比的三元读出，支撑设计取舍。

  • 不同 E3/POI 组合三元比较 — 比较不同 E3 与靶点配对的三元招募差异
  • linker / warhead / E3 ligand 三元比较 — 为 PROTAC 设计取舍提供可比读出
  • 跨物种三元比较 — 比较不同来源 E3/POI 的三元复合物，支持转化
  • NanoBiT 蛋白互作（PPI） — 分割荧光素酶互补读出三元招募，可生化或细胞内
细胞内互作

细胞内二元 / 三元互作验证

在更接近生理的细胞环境里印证生化层面的结合与招募。

  • NanoBRET target engagement — 测化合物在活细胞内对靶点的结合 / 占据
  • NanoBRET / NanoBiT 三元互作 — 测 E3–降解剂–POI 在细胞内的招募
02

你需要提供

材料越完整，方法选择越准；缺少的部分我们会先做一次可行性沟通再确定范围。

  • 候选化合物 — 待测的 PROTAC、分子胶或 binder（结构式 / SMILES、纯度与可用量）。
  • 靶蛋白与 E3 信息 — POI 与 E3（如 CRBN、VHL）的名称、亚型、物种，以及可提供的蛋白 / 质粒（有则更快）。
  • 已知参照 — 已有的工具化合物、阳性对照或已知 KD / 活性数据，便于校准与对照。
  • 检测目标与优先级 — 你想回答的是二元结合、三元复合物还是细胞内验证，以及候选间的排序需求。
03

你会拿到

一份能横向比较、支撑取舍的结合与三元数据，而不只是一堆原始曲线。

  • 二元结合参数 — POI / E3 结合的 KD、kon/koff 与热稳定性变化，以及 binder 亲和力排序。
  • 三元复合物读出 — 三元 EC50/KD/cooperativity 与 hook effect / bell-shaped 曲线，区分有效与无效分子。
  • 比较与筛选结论 — 不同 linker / warhead / E3 ligand 及 E3/POI 组合的可比读出，辅助设计取舍与 E3 选择。
  • 原始数据与报告 — 方法、对照设置与可追溯的原始数据，结合层面与细胞内行为相互印证，结论可复核。

相关模块

按 TPD 评价主线继续推进，或按需交叉组合。

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